施工阶段是建设工程投资控制的重要阶段，是资本转化的实质性阶段，大量的资金需要实际筹措并投入使用。水利工程建设施工阶段是资金投入的主要阶段，在全过程的工程造价中占重要地位，它直接影响到工程项目的效益。

1、加强工程变更价款的控制与管理

由于水利工程建设周期比较长而且受自然条件和客观因素的影响大，因此，在项目实施过程中，工程变更的情况也较为普遍。例如勘察工作的不准确，设计工作不细，使工程实施与发包时提供的图纸不否，以致在施工过程中发现招标文件中没有考虑或估算不准确；市场的波动引起材料价格的上涨造成；都可能引起工程项目变更，进度计划的变更，施工条件的变更等等，所有这些均会使项目投资超出原来的造价，所以必须严格予以控制。

2、加强索赔的控制和管理

索赔是工程承包中经常发生并随处可见的正常现象。由于施工现场条件、气候条件的变化，施工进度以及合同条款规范、标准文件或施工图纸的变更等因素的影响，使得工程承包承包中不可避免地出现索赔，进而导致工程的投资发生变化，因此必须重视，要正确合理地进行处理，在处理索赔事件时，主要遵循两个原则，第一、及时合理的处理索赔。不要积攒，既要符合国家有关规范，也考虑当时的实际情况。第二、索赔必须以合同为依据，不论是风险事件的发生还是当事人未完成的合同工作，都必须在合同中找到相应的依据，当然有些依据可能是合同中隐含的。

3、严格现场签证管理

现场签证是水利工程建设中经常性的工作，现场签证漏洞多，管理难，人为因素多，结算难度大，若管理不到位，就可能给工程带来不必要的损失，因此加强现场签证的管理是控制工程投资的重要环节。

4、加强结算管理，严格把好审核关

在工程结算时，审核人员应坚持按合同办事，要严格控制超出原来的造价费用。并且，应核对工程内容是否符合合同条款要求，工程是否经验收合格，只有按合同要求完成工程并验收合格才能进行工程结算；其次，应按规定的结算方法、计价定额、取费标准、主材价格和优惠条款等，对工程结算进行审核；三是检查隐蔽工程验收记录，所有隐蔽工程均需进行验收、签证；四是按图核实工程数量，并按国家统一规定的计算规则计算工程量；五是落实设计变更签证，设计变更应由原设计单位出具设计变更通知单和修改的设计图纸、校审人员签字并加盖公章，经建设单位和监理工程师审查同意、签证；重大设计变更应经原审批部门审批，否则不应列入结算；六是结算单价应按合同约定或招标规定的计价原则执行。